La Cour des comptes vient de publier, le 3 octobre 2025, un rapport alarmant sur le système français de reconnaissance des maladies professionnelles (MP).
Données incomplètes, procédures complexes, absence de suivi, non-respect du secret médical… la juridiction financière appelle à une refonte en profondeur, en particulier dans la fonction publique territoriale.
En 2023, plus de 85 000 maladies professionnelles ont été reconnues en France, dont 15 % dans la fonction publique.
La majorité concerne des troubles musculo-squelettiques (TMS) : tendinites, lombalgies, affections du poignet ou de l’épaule.
Mais ces chiffres restent très en dessous de la réalité. Selon la Cour, la sous-déclaration reste massive, privant les agents de leurs droits et faussant les comptes publics à hauteur de plus de 3 milliards d’euros par an.
Une fonction publique défavorisée
Pour les agents territoriaux, la situation est encore plus préoccupante.
Ce n’est que depuis 2017 que les fonctionnaires peuvent bénéficier des 121 tableaux de maladies professionnelles du régime général.
Mais contrairement aux salariés du privé, ils n’ont pas accès aux comités régionaux de reconnaissance des maladies professionnelles (CRRMP).
👉 Dans la fonction publique, c’est le conseil médical qui se prononce, et son avis ne lie pas l’administration. En clair :
L’administration peut refuser la reconnaissance d’une maladie professionnelle même après un avis médical favorable.
À cela s’ajoute un manque criant de données : aucune base nationale ne recense les maladies professionnelles dans la FPT, alors que la loi de 2021 prévoyait cette obligation.
Le décret d’application n’a jamais été publié, et aucun outil informatique n’a été financé pour centraliser les données.
Résultat :
📉 Des chiffres lacunaires,
⚙️ Des procédures inégales selon les territoires,
🔇 Et des agents souvent démunis face à une administration silencieuse.
Un système sans incitation à la prévention
Autre différence majeure avec le privé :
les employeurs publics ne cotisent pas à une branche « Accidents du travail et maladies professionnelles (AT-MP) ».
Dans le régime général, plus une entreprise est accidentogène, plus sa cotisation augmente, l’incitant ainsi à prévenir les risques.
Dans la fonction publique, aucun tel mécanisme n’existe.
👉 Autrement dit : qu’une collectivité ait 2 ou 200 accidents du travail, elle ne paiera pas davantage.
Cette absence de responsabilité financière freine les politiques de prévention et banalise le risque professionnel.
Les recommandations de la Cour des comptes
Pour remédier à cette situation, la Cour formule plusieurs recommandations fortes :
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Simplifier les procédures et les tableaux de reconnaissance ;
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Mieux collecter les données à tous les niveaux (collectivités, ministères, CNFPT…) ;
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Renforcer le pilotage national et les moyens des services RH ;
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Garantir le respect du secret médical, aujourd’hui trop souvent bafoué lorsque des données de santé circulent librement entre services et élus.
La position de la CFDT Interco
La CFDT Interco rappelle que la santé au travail n’est pas un coût, mais un droit fondamental.
Les agents publics, comme les salariés du privé, doivent bénéficier d’un accès équitable à la reconnaissance des maladies professionnelles.
💬 « Il est inacceptable qu’un agent malade à cause de son travail doive se battre deux fois : d’abord contre la maladie, puis contre la procédure administrative. » CFDT Interco Besançon Ville – CCAS – GBM
La CFDT demande :
✅ Une réforme rapide du dispositif de reconnaissance,
✅ La création d’une base de données nationale des maladies professionnelles dans la FPT,
✅ Et la formation obligatoire des services RH à la gestion des risques professionnel
Annie FRANCOIS pour le syndicat CFDT INTERCO Section Besançon Ville-CCAS-GBM
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